A comissão é formada por membros que representam os segmentos institucionais (discentes, docentes e técnicos administrativos), mais um representante da sociedade civíl organizada, escolhidos por eleição direta ou excepcionalmente por indicação, conforme o regimento da CPA (Resolução CONSUP/IFMT, nº 55, de 29 de Novembro de 2013).
Existem membros titulares e membros suplentes, porém todos estão diretamente envolvidos nas atividades da comissão. Cada campo do IFMT possui sua CPA e todas são orientadas pela Comissão Própria de Avaliação Central (Portaria nº 1.210, de 22 de Julho de 2013).